BinaryExpression

namespace: SMRUCC.genomics.Analysis.CellPhenotype.TRN.KineticsModel

这个对象表示一个基因,即网络之中的一个节点,只有1和0这两个值的半逻辑表达式,模糊逻辑的原因是逻辑取值是基于一个随机概率的

Methods

#ctor

1
SMRUCC.genomics.Analysis.CellPhenotype.TRN.KineticsModel.BinaryExpression.#ctor(System.Boolean,System.Int32)
Parameter Name Remarks
init -
d 通过核酸链长度的映射得到的增长值

InternalFactorDecays

1
SMRUCC.genomics.Analysis.CellPhenotype.TRN.KineticsModel.BinaryExpression.InternalFactorDecays

无论是否有调控作用,都会有降解发生

无论链的长短,降解的速度都要一致的,即都以0.01的速度降解

InternalGetMostPossibleAppearState

1
SMRUCC.genomics.Analysis.CellPhenotype.TRN.KineticsModel.BinaryExpression.InternalGetMostPossibleAppearState(System.Boolean[])

Gets the most possible node regulation state in current time point.(获取当前时间点之下的最有可能的节点的调控状态值)

Parameter Name Remarks
Status -

Regulators_DynamicsRegulation

1
SMRUCC.genomics.Analysis.CellPhenotype.TRN.KineticsModel.BinaryExpression.Regulators_DynamicsRegulation

有多个调控因子的时候的表达的计算公式

算法要点

  1. 对于所有随机试验低于阈值的调控事件,都默认为不激活(即,没有调控因子的激活的话,基因不表达)
  2. 对于同一个位点之上,假若激活的数目多余抑制的数目,则激活的权重比较大,该位点计算为激活的可能性比较高(假设转录组数据是建立在大细胞宗系的条件之下测定的)
  3. 在Promoter区之内,假若任意一个位点被抑制,则整个基因的表达过程被抑制(单纯的分子动力学行为)

Regulators_SiteSpecificDynamicsRegulations

1
SMRUCC.genomics.Analysis.CellPhenotype.TRN.KineticsModel.BinaryExpression.Regulators_SiteSpecificDynamicsRegulations(SMRUCC.genomics.Analysis.CellPhenotype.TRN.KineticsModel.Regulators.RegulationExpression[])

函数返回是否被激活其表达过程

Parameter Name Remarks
RegulationSites -

set_Mutation

1
SMRUCC.genomics.Analysis.CellPhenotype.TRN.KineticsModel.BinaryExpression.set_Mutation(System.Double)

0 - 缺失突变,该基因的调控事件不会发生
1 - 正常表达

1 - 过量表达,该基因的调控事件总会发生,因为被设置的事件概率大于1
0-1 - 调控事件以低于平常的概率发生

Parameter Name Remarks
factor -

Properties

_factor

每一次调用@”M:SMRUCC.genomics.Analysis.CellPhenotype.TRN.KineticsModel.BinaryExpression.Evaluate”方法进行迭代计算,都会更新这个值,这个值由@”T:SMRUCC.genomics.Analysis.CellPhenotype.TRN.NetworkInput”[蒙特卡洛网络输入]进行初始化

_InternalQuantityValue

当前的这个基因所表达的mRNA分子的数量

_LengthDelta

由长度映射而得来的单次增长量

_RegulationValue

0 – 无调控作用
1 – 正调控作用
-1 – 负调控作用

_value

每一次调用@”M:SMRUCC.genomics.Analysis.CellPhenotype.TRN.KineticsModel.BinaryExpression.Evaluate”方法进行迭代计算,都会更新这个值,这个值由@”T:SMRUCC.genomics.Analysis.CellPhenotype.TRN.NetworkInput”[蒙特卡洛网络输入]进行初始化

Handle

Handle value of this node object in the network.

RegulationValue

当前的这个基因所受到的表达调控作用的表述

RegulatorySites

这个关系是根据footprint结果得出来的