SequenceAssembler

namespace: SMRUCC.genomics.Analysis.ProteinTools.Interactions

在计算贝叶斯网络所需要的矩阵之前所进行的比对序列的拼接并进行向量化的程序模块

Methods

Assemble

1
SMRUCC.genomics.Analysis.ProteinTools.Interactions.SequenceAssembler.Assemble(System.String[][])

执行序列拼接

Parameter Name Remarks
alignSeq 要求比对上的序列的集合中的序列的数目必须要一致

FileIO

1
SMRUCC.genomics.Analysis.ProteinTools.Interactions.SequenceAssembler.FileIO(System.String[])
Parameter Name Remarks
FileList FASTA文件列表

initialize

1
SMRUCC.genomics.Analysis.ProteinTools.Interactions.SequenceAssembler.initialize(System.String[])

每一个AlignmentColumn对象可以看作为贝叶斯网络中的一个节点

Parameter Name Remarks
alignFiles FASTA格式的蛋白质比对序列数据