FileSystem

_namespace: SMRUCC.genomics.Analysis.RNA_Seq.GCModeller.FileSystem_

由于可能会修改参数然后在调用的这种情况出现,所以这里的数据可能需要实时更新,所以不再使用属性的简写形式了

Methods

GetLocalBlast

1
SMRUCC.genomics.Analysis.RNA_Seq.GCModeller.FileSystem.FileSystem.GetLocalBlast

会自动搜索注册表,配置文件和文件系统之上的目录,实在找不到会返回空字符串并且记录下错误

GetMotifLDM

1
SMRUCC.genomics.Analysis.RNA_Seq.GCModeller.FileSystem.FileSystem.GetMotifLDM(System.String)

/MEME/MAST_LDM/

GetPfamDb

1
SMRUCC.genomics.Analysis.RNA_Seq.GCModeller.FileSystem.FileSystem.GetPfamDb(System.String)

默认返回NCBI CDD数据库之中的Pfam数据库

Parameter Name Remarks
name -

GetRegulations

1
SMRUCC.genomics.Analysis.RNA_Seq.GCModeller.FileSystem.FileSystem.GetRegulations

regulations.xml文件在GCModeller数据库之中的位置

GetRepositoryRoot

1
SMRUCC.genomics.Analysis.RNA_Seq.GCModeller.FileSystem.FileSystem.GetRepositoryRoot

The root directory for stores the GCModeller database such as fasta sequence for annotation.

IsRepositoryNullOrEmpty

1
SMRUCC.genomics.Analysis.RNA_Seq.GCModeller.FileSystem.FileSystem.IsRepositoryNullOrEmpty

配置文件之中是否包含有GCModeller数据库的位置的路径参数

TryGetSource

1
SMRUCC.genomics.Analysis.RNA_Seq.GCModeller.FileSystem.FileSystem.TryGetSource(System.String,System.Func{System.String})

这个是为了加载数据而构建的,故而假若数据源不存在的话就会返回备用的

Parameter Name Remarks
source -
alt -

Properties

CDD

NCBI CDD数据库的文件夹位置

IsNullOrEmpty

配置文件之中是否包含有GCModeller数据库的位置的路径参数

KEGGFamilies

Regprecise数据库之中的调控因子蛋白质的摘要Dump信息

MotifLDM

/MEME/MAST_LDM/

RegpreciseRoot

/Regprecise/

Regulations

regulations.xml文件在GCModeller数据库之中的位置

RepositoryRoot

The root directory for stores the GCModeller database such as fasta sequence for annotation.