GenomeContextProvider`1

namespace: SMRUCC.genomics.ContextModel

基因组上下文计算工具,一般使用@”T:SMRUCC.genomics.Assembly.NCBI.GenBank.TabularFormat.PTT”或者@”T:SMRUCC.genomics.Assembly.NCBI.GenBank.TabularFormat.GFF”文件作为数据源.

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Dim PTT As @"T:SMRUCC.genomics.Assembly.NCBI.GenBank.TabularFormat.PTT" = TabularFormat.PTT.Load("G:\Xanthomonas_campestris_8004_uid15\CP000050.ptt")
Dim genome As New @"T:SMRUCC.genomics.ContextModel.GenomeContextProvider`1"(Of GeneBrief)(PTT)
Dim loci As New @"T:SMRUCC.genomics.ComponentModel.Loci.NucleotideLocation"(3834400, 3834450) ' XC_3200, XC_3199, KEGG测试成功
Dim rels = genome.GetAroundRelated(loci, False)

rels = genome.GetAroundRelated(loci, True)

Methods

__delegate

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SMRUCC.genomics.ContextModel.GenomeContextProvider`1.__delegate(SMRUCC.genomics.ComponentModel.Loci.NucleotideLocation,System.Boolean)

Creates the anonymous function pointer for the relationship @”M:SMRUCC.genomics.ContextModel.GenomeContextProvider`1.GetAroundRelated(SMRUCC.genomics.ComponentModel.Loci.NucleotideLocation,System.Boolean,System.Int32)”

Parameter Name Remarks
loci -
stranded -

GetAroundRelated

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SMRUCC.genomics.ContextModel.GenomeContextProvider`1.GetAroundRelated(SMRUCC.genomics.ComponentModel.Loci.NucleotideLocation,System.Boolean,System.Int32)

Gets the related genes on a specific loci site location.(函数获取某一个给定的位点附近的所有的有关联的基因对象。
请注意,这个函数仅仅是依靠于两个位点之间的相互位置关系来判断的,
假若这个参数为真,假若需要判断链的方向)

Parameter Name Remarks
lociDist -

returns: 请注意,函数所返回的列表之中包含有不同的关系!

GetInnerAntisense

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SMRUCC.genomics.ContextModel.GenomeContextProvider`1.GetInnerAntisense(System.Collections.Generic.IEnumerable{`0},System.Int32,System.Int32,SMRUCC.genomics.ComponentModel.Loci.Strands)

获取某一个指定的位点在基因组之中的内部反向的基因的集合

Parameter Name Remarks
source -
LociStart -
LociEnds -
Strand -

GetRelatedGenes

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SMRUCC.genomics.ContextModel.GenomeContextProvider`1.GetRelatedGenes(System.Collections.Generic.IEnumerable{`0},System.Int32,System.Int32,System.Int32,System.Boolean)

Gets the related genes on a specific loci site location.(函数获取某一个给定的位点附近的所有的有关联的基因对象。
请注意,这个函数仅仅是依靠于两个位点之间的相互位置关系来判断的,
并没有判断链的方向,假若需要判断链的方向,请在调用本函数之前就将参数source按照链的方向筛选出来)

Parameter Name Remarks
source -
start -
ends -
ATGDist -

returns: 请注意,函数所返回的列表之中包含有不同的关系!

GetRelatedUpstream

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SMRUCC.genomics.ContextModel.GenomeContextProvider`1.GetRelatedUpstream(System.Collections.Generic.IEnumerable{`0},SMRUCC.genomics.ComponentModel.Loci.NucleotideLocation,System.Int32)

@”F:SMRUCC.genomics.ComponentModel.Loci.SegmentRelationships.UpStreamOverlap” and
@”F:SMRUCC.genomics.ComponentModel.Loci.SegmentRelationships.UpStream”

Parameter Name Remarks
source -
Loci -
ATGDistance -

GetSource

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SMRUCC.genomics.ContextModel.GenomeContextProvider`1.GetSource(SMRUCC.genomics.ComponentModel.Loci.Strands)

Gets the stranded gene object data source.

Parameter Name Remarks
strand -