ExpressionFluxBuilder

namespace: SMRUCC.genomics.GCModeller.Assembly.GCMarkupLanguage.Builder

表达流对象构建器,重建出目标模型的基因组、转录组

生成模型文件中的基因、转录单元和转录组分这三张表

Methods

#ctor

1
SMRUCC.genomics.GCModeller.Assembly.GCMarkupLanguage.Builder.ExpressionFluxBuilder.#ctor(SMRUCC.genomics.Assembly.MetaCyc.File.FileSystem.DatabaseLoadder,SMRUCC.genomics.GCModeller.Assembly.GCMarkupLanguage.BacterialModel)
Parameter Name Remarks
MetaCyc -
Model 在模型对象之中的代谢组必须是已经构建好了的

CreateTranscripts

1
SMRUCC.genomics.GCModeller.Assembly.GCMarkupLanguage.Builder.ExpressionFluxBuilder.CreateTranscripts(SMRUCC.genomics.Assembly.MetaCyc.File.FileSystem.DatabaseLoadder,SMRUCC.genomics.GCModeller.Assembly.GCMarkupLanguage.BacterialModel)

创建RNA分子对象,然后添加进入代谢组对象之中

Parameter Name Remarks
MetaCyc -
Model -

CreateTransUnits

1
SMRUCC.genomics.GCModeller.Assembly.GCMarkupLanguage.Builder.ExpressionFluxBuilder.CreateTransUnits(SMRUCC.genomics.Assembly.MetaCyc.File.FileSystem.DatabaseLoadder,SMRUCC.genomics.GCModeller.Assembly.GCMarkupLanguage.BacterialModel)

根据MetaCyc数据库模型生成转录单元对象列表

Parameter Name Remarks
MetaCyc -

GetAllUnmodifiedProduct

1
SMRUCC.genomics.GCModeller.Assembly.GCMarkupLanguage.Builder.ExpressionFluxBuilder.GetAllUnmodifiedProduct(SMRUCC.genomics.Assembly.MetaCyc.File.FileSystem.DatabaseLoadder,SMRUCC.genomics.GCModeller.Assembly.GCMarkupLanguage.BacterialModel)

获取所有未经过化学修饰的蛋白质多肽链单体对象

Parameter Name Remarks
MetaCyc -
Model -
1
SMRUCC.genomics.GCModeller.Assembly.GCMarkupLanguage.Builder.ExpressionFluxBuilder.Link(SMRUCC.genomics.GCModeller.Assembly.GCMarkupLanguage.GCML_Documents.XmlElements.Bacterial_GENOME.GeneObject,SMRUCC.genomics.GCModeller.Assembly.GCMarkupLanguage.GCML_Documents.XmlElements.Bacterial_GENOME.Transcript[],Microsoft.VisualBasic.List{SMRUCC.genomics.GCModeller.Assembly.GCMarkupLanguage.GCML_Documents.XmlElements.Bacterial_GENOME.Transcript})

将一个基因对象与相应的转录产物想联系起来

Parameter Name Remarks
Gene -
Transcripts -
List -

!!!请注意这里!!!