BBHLogs

namespace: SMRUCC.genomics.Interops.NCBI.Extensions.Analysis

Methods

__export

1
SMRUCC.genomics.Interops.NCBI.Extensions.Analysis.BBHLogs.__export(System.Collections.Generic.IEnumerable{SMRUCC.genomics.Interops.NCBI.Extensions.LocalBLAST.Application.BatchParallel.AlignEntry},SMRUCC.genomics.Interops.NCBI.Extensions.LocalBLAST.Application.BatchParallel.AlignEntry,System.Collections.Generic.Dictionary{SMRUCC.genomics.Interops.NCBI.Extensions.LocalBLAST.Application.BatchParallel.AlignEntry,SMRUCC.genomics.Interops.NCBI.Extensions.LocalBLAST.Application.BBH.BestHit[]},SMRUCC.genomics.Interops.NCBI.Extensions.LocalBLAST.Application.BBH.BestHit[])

得到最佳双向比对的结果, Top类型

Parameter Name Remarks
Source -
Entry -
Files -
Query -

BuildBBHEntry

1
SMRUCC.genomics.Interops.NCBI.Extensions.Analysis.BBHLogs.BuildBBHEntry(System.String,System.String)
Parameter Name Remarks
DIR Is a Directory which contains the text file output of the blastp searches.

ExportBidirectionalBesthit

1
SMRUCC.genomics.Interops.NCBI.Extensions.Analysis.BBHLogs.ExportBidirectionalBesthit(System.Collections.Generic.IEnumerable{SMRUCC.genomics.Interops.NCBI.Extensions.LocalBLAST.Application.BatchParallel.AlignEntry},System.String,System.Collections.Generic.Dictionary{System.String,SMRUCC.genomics.Assembly.NCBI.GenBank.CsvExports.GeneDumpInfo},System.Boolean)

批量导出双向最佳比对匹配结果

Parameter Name Remarks
Source 单项最佳的两两比对的结果数据文件夹,里面的数据文件都是从blastp里面倒出来的besthit的csv文件
EXPORT 双向最佳的导出文件夹
CDSInfo 从GBK文件列表之中所导出来的蛋白质信息的汇总表

ExportLogData

1
SMRUCC.genomics.Interops.NCBI.Extensions.Analysis.BBHLogs.ExportLogData(System.Collections.Generic.IEnumerable{SMRUCC.genomics.Interops.NCBI.Extensions.LocalBLAST.Application.BatchParallel.AlignEntry},System.String,Microsoft.VisualBasic.Text.TextGrepScriptEngine,Microsoft.VisualBasic.Text.TextGrepScriptEngine)

使用这个函数批量导出sbh数据,假若数据量比较小的话

Parameter Name Remarks
source -
EXPORT -
queryGrep 假若解析的方法为空,则会尝试使用默认的方法解析标题
SubjectGrep -

LoadEntries

1
SMRUCC.genomics.Interops.NCBI.Extensions.Analysis.BBHLogs.LoadEntries(System.String,System.String)

从文件系统之中加载比对的文件的列表

Parameter Name Remarks
DIR -
ext -

LoadSBHEntry

1
SMRUCC.genomics.Interops.NCBI.Extensions.Analysis.BBHLogs.LoadSBHEntry(System.String,System.String)

只单独加载单向比对的数据入口点列表

Parameter Name Remarks
DIR -
query -