ShellScriptAPI

namespace: SMRUCC.genomics.Interops.Visualize.Phylip

Methods

__exportMatrix

1
SMRUCC.genomics.Interops.Visualize.Phylip.ShellScriptAPI.__exportMatrix(SMRUCC.genomics.Interops.NCBI.Extensions.Analysis.BestHit)

矩阵文件的格式要求为:
行的标题(每一行中的第一个元素)为基因组的名称
每一列为某一个基因的频率或者其他数值
例如:
基因1,基因2,基因3, …
基因组1 1 1 0
基因组2 2 1 4

Parameter Name Remarks
besthit -

CreateNodeLabelAnnotation

1
SMRUCC.genomics.Interops.Visualize.Phylip.ShellScriptAPI.CreateNodeLabelAnnotation(System.String,System.String,System.Collections.Generic.IEnumerable{SMRUCC.genomics.Assembly.NCBI.GenBank.CsvExports.gbEntryBrief})

{Trimmed_ID, uid}

ExportGendistMatrixFromBesthitMeta

1
SMRUCC.genomics.Interops.Visualize.Phylip.ShellScriptAPI.ExportGendistMatrixFromBesthitMeta(System.Collections.Generic.IEnumerable{SMRUCC.genomics.Interops.NCBI.Extensions.Analysis.BestHit},System.String,System.Boolean,System.Int32)

直接使用identities值作为最开始的等位基因的频率值

Parameter Name Remarks
MetaSource -
Limits 0或者小于零的数值都为不限制,假设做出数量的限制的话,函数只会提取指定数目的基因组数据,都是和外标尺最接近的基因组

LoadHitsVennData

1
SMRUCC.genomics.Interops.Visualize.Phylip.ShellScriptAPI.LoadHitsVennData(System.String)
Parameter Name Remarks
source Xml数据的文件夹

NeighborMatrixFromVennMatrix

1
SMRUCC.genomics.Interops.Visualize.Phylip.ShellScriptAPI.NeighborMatrixFromVennMatrix(Microsoft.VisualBasic.DocumentFormat.Csv.DocumentStream.File)

从已经生成的韦恩矩阵之中生成距离矩阵

SelfOverviewsMAT

1
SMRUCC.genomics.Interops.Visualize.Phylip.ShellScriptAPI.SelfOverviewsMAT(SMRUCC.genomics.Interops.NCBI.Extensions.LocalBLAST.BLASTOutput.Views.Overview)

不可以使用并行化拓展,因为有一一对应关系

Parameter Name Remarks
overview -